견종
견종은 반려견의 다양한 종류와 특징을 설명하는 중요한 요소입니다. 여기서는 각 견종을 세분화하여 분류하고 특징을 강조하여 소개하려고 합니다.
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- 애완견
애완견은 사람들과 함께 살면서 경계심이 낮고 친근한 성격을 가지는 견종들입니다. 대표적으로 골든 리트리버, 비글, 보더 콜리 등이 있습니다.
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- 수렵견
수렵견은 주로 사냥 및 추적을 위해 훈련되고 사용되는 견종입니다. 레브라도 리트리버, 비즐라, 풍산개 등이 수렵견으로 유명합니다.
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- 경호견
경호견은 사람들과 재산을 보호하기 위해 훈련되는 견종입니다. 도베르만 핀셔, 로트와일러, 보르도 마스티프가 가장 잘 알려진 경호견입니다.
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- 근위견
근위견은 주로 경찰이나 군대에서 사용되는 견종입니다. 훈련을 통해 사람들을 보호하거나 검색과 구조 작업에 도움을 줍니다. 대표적으로 벨기에 말리노이즈, 잉글리시 스프링어 스패니엘, 독일 셰퍼드 등이 있습니다.
| 견종 | 특징 |
|---|---|
| 골든 리트리버 | 친근하고 애정이 많음 |
| 비글 | 무자비한 냄새 감지능력 |
| 보더 콜리 | 지능적이고 활발함 |
| 레브라도 리트리버 | 기민하고 친자극 반응 뛰어남 |
| 비즐라 | 빠른 속도와 인내력 |
| 풍산개 | 협동심 높고 성실함 |
| 도베르만 핀셔 | 예민하고 용감함 |
| 로트와일러 | 지능적이고 수호 본능이 강함 |
| 보르도 마스티프 | 민첩하고 용맹스러움 |
| 벨기에 말리노이즈 | 지능적이고 추적능력 뛰어남 |
| 잉글리시 스프링어 스패니엘 | 친근하고 순종성 높음 |
| 독일 셰퍼드 | 지능적이고 의지가 강함 |
앞선 부분에서 언급한 대로, 필이 *(bacs 40만)* 이기 때문에 BACs가 필을 허용하고, 필도 서열 공간에서 특정 위치에 삽입되어 replication fork가 다시 시작되게 하여 k-mers를 생성하고, 이들을 조립할 수 있습니다. BACs는 신뢰성 높은 DNA 조립을 위해 사용되는 일반적인 방법입니다. 그럼에도 불구하고, BACs는 크기가 크고, 복잡성이 높으며, 비용이 높은 단점을 가지고 있습니다.
오늘날에는 다양한 조립 방법과 향상된 시퀀싱 기술이 개발되어 BACs를 사용하지 않고도 큰 규모의 게노믹 리파스 어셈블리에 성공적으로 적용되고 있습니다. 이들 방법은 다음과 같이 분류될 수 있습니다:
- Overlap-Layout-Consensus (OLC) 기반의 조립 방법: OLC는 서열 간의 overlap을 기반으로 파편들을 연결하는 방법입니다. 이를 위해 서열 데이터에서 overlap을 탐지하고, overlap region을 정확하게 정렬하여 조립합니다. 대표적인 OLC 알고리즘으로는 Celera Assembler, Arachne, Minimus 등이 있습니다.
- De Bruijn 그래프 기반의 조립 방법: De Bruijn 그래프는 서열을 k-mers로 분리한 후, k-1 길이의 overlap을 가지는 k-mers를 그래프로 연결하는 방법입니다. 이 방법은 서열을 더 작은 단위로 나누기 때문에 복잡한 구조를 갖는다고 볼 수 있습니다. 대표적인 De Bruijn 그래프 알고리즘으로는 Velvet, SOAPdenovo, ABySS 등이 있습니다.
- Hybrid 기반의 조립 방법: OLC와 De Bruijn 그래프의 장점을 결합한 방법으로, 두 가지 방법을 함께 사용하여 조립하는 방법입니다. HybriDenovo, Platanus 등이 이 방법의 예시입니다.
이러한 새로운 조립 방법과 시퀀싱 기술의 발전은 기존의 BACs를 사용한 조립 방법에 비해 더 빠르고 정확한 결과를 얻을 수 있게 되었습니다. 또한, BACs를 사용하지 않고도 높은 커버리지를 갖는 서열 데이터를 얻을 수 있기 때문에 게노믹 연구에 있어서 중요한 도구로 인정받고 있습니다.
위에서 언급한 서열 조립 방법들은 다양한 게노믹 연구에서 활용되고 있으며, 각각의 방법은 장단점을 가지고 있습니다. 결국, 조립 방법의 선택은 연구 목적, 품질 요구 사항, 자금 등 여러 가지 요인을 고려하여 결정되어야 합니다. 향후 연구에서는 이러한 조립 방법들이 더욱 발전하여 더 정확하고 효율적인 결과를 얻을 수 있을 것으로 기대됩니다.
